Уголовное дело возбуждается против организации?

Это что-то новое из области уголовного процесса...
Да, потому что нелицензионное ПО установлено на компьютерах, являющихся собственностью организации. Машина изымается и фигурирует в качестве вещественного доказательства в уголовном деле. Если в ходе расследования будет доказано, что пиратские программы были установлены без ведома руководства или главного системного администратора, то отвечать будет сам сотрудник. То есть, обвинение можно выносить лицу(лицам) только после расследования. Но, по юридическим нормам, все-таки большую меру ответственности несет именно руководство организации!
Ну, а на деле, конечно же руководство, как всегда, вдруг находит "козла отпущения"...